На летище Бургас опасни стоки и опасни вещества се обработват с особено внимание. Когато опасните товари се транспортират по въздух, съответните данни от стоките са предоставени на получаващите летища според IATA стандартите. Редовно обучение гарантира, че всички служители, участващи в обработката на опасните стоки, са преминали обучение и имат задълбочени познания в тази специализирана област.
Безопасността е също основен приоритет при употребата на опасни вещества. Хората и околната среда трябва да бъдат защитени от вредното въздействие на опасните химични вещества и препарати.
Извършва се контрол на всички химични вещества, препарати и продукти, като се вземат под внимание промишлената безопасност, здраве, и екологичните критерии, и се изисква стриктно спазване на ясно определените предпазни мерки за безопасност и правилата за поведение.
Във връзка с гарантиране безопасността при съхранението на авиационно гориво в резервоари на служба ГСМ през 2008 г. бяха изградени бетонови обваловки, които да предотвратят при евентуален разлив или авария, течността да замърси околната среда.
За да се предотврати изпускането на опасни вещества в подпочвените води през 2011 г. е изградена отделна санитарна площадка за външно третиране на самолетите с разделна канализационна система и опция за пречистване на отпадните води.